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「売上規模が小さい個人事業主やフリーランスにも税務調査は来るのだろうか？」
「年商数百万円〜数千万円規模で税務調査の対象に選ばれてしまう原因と理由を知りたい」

税務調査の無料相談を受ける中で、多くの方から「売上も小さいし、うちのような小規模事業者に税務調査が入るわけがないと思っていた」というお声をいただきます。

結論から申し上げますと、売上規模が小さい事業者（売上300万円や1,000万円未満など）であっても、税務調査の対象として選定され調査が入るケースは数多く存在します。

今回は、実際に小規模事業者が税務調査の対象に選ばれてしまう2大要因（消費税逃れの売上調整・生活が成り立たない不自然な低所得）と、調査で過少申告が発覚した際の過酷な税金負担について分かりやすく解説します。

【目次】

1. 売上規模は関係ない？小規模事業者に税務調査が入る実務のリアル
2. なぜ狙われる？売上が小さくても税務調査に選定される2大要因
3. 【追徴の恐怖】過少申告が発覚した際の過去5年分の税金と分割納税
4. まとめ：正当な確定申告で税務調査のリスクをゼロに抑えよう

１．売上規模は関係ない？小規模事業者に税務調査が入る実務のリアル

一般的に「税務署は多額の追徴税額が見込める大企業や売上数億円規模の事業者を優先する」と思われがちです。

確かに選定確率自体は大規模な企業の方が高くなりますが、実際の税務調査の現場では売上1,000万円未満や年商数百万円クラスの個人事業主であっても普通に調査対象として選定されています。

当事務所で過去に立ち会った税務調査案件の割合を見ても、全体の約6割が「売上3,000万円未満」の事業者（そのうち半分は売上1,000万円未満）です。

「売上が小さいから税務署は見に来ないだろう」という油断こそが、税務調査を引き寄せる最大の原因となります。

２．なぜ狙われる？売上が小さくても税務調査に選定される2大要因

売上が小さい事業者が国税局・税務署の調査システム（KSK）に検知され、優先的に税務調査対象となる主な理由は以下の2点に集約されます。

📄 売上が小さくても税務調査が入る2大要因

1. 「年商900万円前後」の申告が何年も続いている（消費税逃れの疑い）： 真実の売上は1,000万円を超えているにもかかわらず、消費税の納税義務（免税点）を逃れるために売上を意図的に除外・抑え込んでいると判定され、最優先でマークされる。

2. 申告所得が少なすぎて生活が成り立たない（プライベート費用の経費化）： 売上から経費を引いた所得（利益）が100万円前後など極端に低い場合、「生活費の原資がない＝売上を除外しているか、家族との飲食代・自宅の生活費を私的経費に放り込んでいる」と推測される。

税務署は国税システムを用いて同業種・同規模の平均的な所得率や売上推移をデータベース化しているため、不自然な「売上抑制」や「異常な低所得」は即座にアラートとして抽出されます。

🔗 関連コラム：税務調査の対象になりやすい個人事業主の5つの特徴｜売上が小さくても選ばれる理由

▼小規模事業者が税務調査で狙われるパターンとリスク

３．【追徴の恐怖】過少申告が発覚した際の過去5年分の税金と分割納税

税務調査が入り、過去の売上除外や不適切な経費計上が否認された場合、その年だけでなく原則「過去5年分（不正と認定されたら7年分）」の申告がすべて修正されます。

過少申告が確定すると、以下の税金・社会保険料が一気に発生します。

• 過去5年分の「所得税」および「消費税」の本税

• 重加算税（35%〜40%）や無申告加算税、延滞税などのペナルティ

• 所得増加に伴う「修正住民税」「個人事業税」「国民健康保険料」の追徴

手元資金が少ない状態で数百万円規模の追徴税金が一気に請求されるため、一括で納付できる人はごく少数であり、多くの方が税務署や自治体と過酷な「分割納税（分納交渉）」を行っていくことになります。

最初から正しく確定申告を行い、適切な節税対策（青色申告特別控除や簡易課税制度の活用）を行っておくことこそが、最もコストパフォーマンスの高い防衛策です。

４．まとめ：正当な確定申告で税務調査のリスクをゼロに抑えよう

今回は、売上規模が小さい事業者に税務調査が入る理由と、過少申告が招く追徴リスクについて解説しました。

「売上が小さいから大丈夫」と過小評価せず、正当な売上計上とロジックに基づいた経費集計を行い、過度な追徴リスクをゼロに抑えて事業に専念することが経営者として最も賢明な姿勢です。

仮に過去の申告に不安がある場合や、税務署から連絡が来てしまった場合は、税務調査が入る前や調査直後の段階で速やかに専門の公認会計士・税理士へ相談することが被害を最小限に抑える鍵となります。

梁瀬会計事務所では、愛知県名古屋市を拠点として、愛知・岐阜・三重を中心に全国の法人・個人事業主の税務調査をサポートしております。実際に東海三県を超えて、代表の地元である長崎県や東京都など全国各地の法人・個人事業主からもご選定いただいております。

当事務所はネット広告（リスティング広告等）をいっさいかけていない完全ゼロ広告の経営を行っているため、他事務所よりもリーズナブルな適正価格で高品質な公認会計士・税理士による確定申告・税務調査立ち会い・分納サポートをご提供しております。

「自社の申告内容で税務調査が来ないか心配だ」「税務署から急に連絡が入って立ち会ってほしい」という方は、ぜひお気軽にご相談ください。

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