名古屋市で税理士・会計士をお探しなら梁瀬会計事務所「コラム・解決事例」ページ

「自社は今期赤字決算（赤字申告）だから、税務調査の対象には選ばれないだろうか？」
「赤字経営なのに税務署から連絡が届いたが、何をチェックされるのだろうか？」

結論から申し上げますと、黒字企業と比較すれば赤字会社へ税務調査が入る確率は低い傾向にありますが、「赤字会社だから税務調査に来ない」というのは大きな間違いです。

税務署や国税局は「法人税の追徴」だけでなく、「消費税の追徴・還付チェック」や「源泉所得税の徴収漏れ」「意図的な所得隠し（キックバック等）」など、多様な着眼点を持って赤字会社を調査対象へ選定しています。

今回は、赤字会社であっても税務調査のターゲットとして選定される「5つの典型パターン」と、税務調査を乗り切るための防衛策について分かりやすく解説します。

【目次】

1. 結論：黒字企業より確率は低いが赤字会社にも税務調査は入る
2. 赤字会社が税務調査のターゲットに選定される「5つのパターン」
3. なぜ税務署は赤字会社からでも多額の税金を追徴できるのか？
4. まとめ：赤字決算であっても適切な帳簿作成と申告を行おう

１．結論：黒字企業より確率は低いが赤字会社にも税務調査は入る

税務調査の主な目的は「正しく税金が納められているかの確認」と「不適切な申告に対する追徴課税の実施」です。

そのため、最初から過年度の赤字（繰越欠損金）が多額に残っており、少々の経費否認では法人税の追徴が発生しない赤字会社は、黒字企業に比べて調査の優先順位が低くなるのは事実です。

しかし、税務署は法人税以外の税目（消費税・源泉所得税等）で確実に税金を回収できる構造を把握しているため、特定のフラグが立った赤字会社に対しては容赦なく税務調査を実施します。

２．赤字会社が税務調査のターゲットに選定される「5つのパターン」

赤字会社が税務署の国税システム（KSK）や調査官のチェックによって選定される代表的な理由は以下の5点です。

① 多額の「消費税還付」を受けている場合

設備投資や輸出取引等により消費税の還付申告を行った会社は、国税庁の最重点監視対象となります。正当な還付であっても実態確認のため調査が入ります。

② 所得隠しや不正（キックバック等）の疑いがある場合

反面調査や情報提供により、売上除外や役員の個人的なキックバック等の不正が疑われる場合、赤字であっても即座に選定されます。

③ 売上高「900万円台」で継続的に申告している場合

消費税の課税事業者（売上1,000万円超）となるのを回避するため、意図的に売上を過少申告（売上隠し）していないか厳しく疑われます。

④ 消費税の「原則課税」を選択している場合

簡易課税ではなく原則課税の会社は、交際費や経費の課税仕入区分ミスを追及することで、法人税が赤字であっても「消費税だけを追徴」することが可能です。とはいえ、他のパターンよりは税務調査の可能性は低いと思いますが。

⑤ 特殊要因（役員退職金・貸倒損失等）で突発的に赤字になった場合

多額の役員退職金支給や貸倒損失の計上により赤字へ転落したケースは、損金性の適否自体が税務調査の主要ターゲットとなります。

▼赤字会社への税務調査パターンと追徴リスク一覧表

３．なぜ税務署は赤字会社からでも多額の税金を追徴できるのか？

「赤字会社なら法人税が出ないから大丈夫」と高を括るのは非常に危険です。税務調査官は、赤字会社から以下のようなスキームで多額の追徴税額を算出します。

役員のキックバックが発覚したケース

1. 除外されていた裏金を「会社の売上」として再計上（※重加算税対象）

2. 役員が個人的に受領していた場合、その金額を「役員給与（賞与）」と認定

3. 事前届出のない役員賞与であるため、法人税上は「損金不算入（経費化不可）」

4. 役員給与の認定に伴い、会社側に「源泉所得税の未払い分」を一括追徴

5. 売上増額に伴う「消費税の未払い分」を追徴

このように、法人税自体は過去の繰越欠損金で相殺できたとしても、「源泉所得税」と「消費税」、さらに最大40%の「重加算税」が重なって課されるため、赤字会社であっても数千万円規模の追徴に及ぶケースが存在します。

４．まとめ：赤字決算であっても適切な帳簿作成と申告を行おう

今回は、赤字会社が税務調査の対象に選定される理由と注意点について解説しました。

「赤字だから適当に申告してもバレないだろう」と不正確な確定申告を続けていると、消費税や源泉所得税の追徴によって会社経営が一気に傾くリスクがあります。

黒字会社と同じ精度で正しく帳簿・領収書を整備し、過去の申告に不安や集計ミスがある場合は、事前に専門の税理士へ相談して修正申告などの適切な防衛施策を講じておきましょう。

梁瀬会計事務所では、愛知県名古屋市を拠点として、愛知・岐阜・三重を中心に全国の法人・個人事業主をサポートしております。 顧問先の紹介などもあり、実際に東海三県を超えて、代表の地元である長崎県や東京都など全国各地の法人・個人事業主からもご選定いただいております。

「赤字決算だが税務調査の連絡が来て不安だ」「過去の赤字申告の内容をプロに修正・確認してほしい」という方は、ぜひお気軽にご相談ください。

税務調査の料金やご利用の流れなど